黄连的根状茎为黄色，有分枝，具有很多的须根。叶子有很长的叶柄，长度约为5-12cm，叶片为卵状的三角形。具有1-2条花葶，高度约为12-25cm左右，花瓣为线形或者是线状的披针形。种子为长椭圆形，通常是有7-8粒种子。
