裸子植物的果皮是裸露的，没有果皮包被，而被子植物有果皮包被。裸子植物有发达的根、茎、叶、种子，没有花朵、果实，被子植物有根、茎、叶、花、果实、种子，种子不裸露。此外，被子植物不含双黄酮化合物，而裸子植物除少数类群外，都含有双黄酮化合物。
